PHP直接输出html的，可以采用以下的方法进行过滤：
1.htmlspecialchars函数
2.htmlentities函数
3.HTMLPurifier.auto.php插件
4.RemoveXss函数（百度可以查到）
PHP输出到JS代码中，或者开发Json API的，则需要前端在JS中进行过滤：
1.尽量使用innerText(IE)和textContent(Firefox),也就是jQuery的text()来输出文本内容
2.必须要用innerHTML等等函数，则需要做类似php的htmlspecialchars的过滤（参照@eechen的答案）
其它的通用的补充性防御手段
1.在输出html时，加上Content Security Policy的Http Header
（作用：可以防止页面被XSS攻击时，嵌入第三方的脚本文件等）
（缺陷：IE或低版本的浏览器可能不支持）
2.在设置Cookie时，加上HttpOnly参数
（作用：可以防止页面被XSS攻击时，Cookie信息被盗取，可兼容至IE6）
（缺陷：网站本身的JS代码也无法操作Cookie，而且作用有限，只能保证Cookie的安全）
3.在开发API时，检验请求的Referer参数
（作用：可以在一定程度上防止CSRF攻击）
（缺陷：IE或低版本的浏览器中，Referer参数可以被伪造）
4、补充一个xss过滤的函数。。
function clean_xss(&$string, $low = False)
{
if (! is_array ( $string ))
{
$string = trim ( $string );
$string = strip_tags ( $string );
$string = htmlspecialchars ( $string );
if ($low)
{
return True;
}
$string = str_replace ( array (‘”‘, “\\”, “‘”, “/”, “..”, “../”, “./”, “//” ), ”, $string );
$no = ‘/%0[0-8bcef]/’;
$string = preg_replace ( $no, ”, $string );
$no = ‘/%1[0-9a-f]/’;
$string = preg_replace ( $no, ”, $string );
$no = ‘/[\x00-\x08\x0B\x0C\x0E-\x1F\x7F]+/S’;
$string = preg_replace ( $no, ”, $string );
return True;
}
$keys = array_keys ( $string );
foreach ( $keys as $key )
{
clean_xss ( $string [$key] );
}
}